敦煌种业目前拥有5大专业基地，其中瓜菜制种基地面积发展到20万亩；玉米制种基地发展到130万亩，比成立之初扩大100万亩；棉种繁育基地稳定在50万亩；脱毒马铃薯原种基地扩大到10万亩；强筋小麦种子繁育面积达80万亩；棉花基地控制面积达到400万亩。